El sitio arqueológico de Los Mercados (Duratón, Segovia), donde se sitúa la ciudad de Confloenta, es conocido desde el s. XVI, cuando es objeto de atención por parte de Ambrosio de Morales, cronista de Felipe II, quien habla de la existencia en el paraje de Los Mercados de los vestigios de una ciudad romana, y presta atención a algunos epígrafes del lugar.
No obstante, en esos momentos el brillante pasado medieval de la villa de Sepúlveda llevaba a cronistas y eruditos a querer situar en esta localidad, distante siete kilómetros de Duratón, la ciudad romana del alto valle del Duratón, sin más base que el prestigio histórico de la villa, la reutilización en sus murallas de piezas arquitectónicas romanas (que, en realidad, proceden de Los Mercados) y la inscripción romana rupestre del paraje de Puente Talcano, situado a los pies de Sepúlveda (de hecho, un sitio de culto rural del territorio de Confloenta). Ya en el s. XIII el arzobispo toledano Rodrigo Jiménez de Rada pretendió identificar Sepúlveda con Munda, donde se enfrentaron las tropas de César y Pompeyo en 45 a.C. (localizada, no obstante, en la Bética), propuesta recogida por otros autores entre los siglos XIV y XV. Desde el siglo XVI otros autores iban a localizar en Sepúlveda ciudades entonces poco conocidas, como Segontia Lanca, Segobriga, Segisama Iulia o incluso Segovia.
A finales del siglo XVIII se realizarán las primeras excavaciones en Los Mercados, como consecuencia del hallazgo de restos de interés por parte de dos clérigos locales, el ilustrado cura de Duruelo, Santos Martín Sedeño, y el párroco de Duratón, Cristóbal Rubio, quienes habían acudido al solar de la antigua Confloenta a buscar material constructivo para utilizarlo en la construcción de la casa parroquial de Duratón. La importancia de los hallazgos efectuados, en 1792, animó a los clérigos a tratar de realizar una excavación, si bien no lo lograron hasta que a inicios de 1795 pusieron en conocimiento de Manuel Godoy, Duque de Alcudia y ministro de Carlos IV, tales hallazgos, a sabiendas de la atención e interés que este prestaba a este tipo de cuestiones (Godoy empujó excavaciones en sitios como Sagunto y Segobriga). El ministro promovió ante el monarca Carlos IV la realización de una excavación en Los Mercados, quien, interesado por la búsqueda de antigüedades para las colecciones reales y la decoración de los palacios reales, encargó al arquitecto Juan de Villanueva la intervención.
Esta se llevó a cabo entre abril y julio de 1795 y tuvo como resultado la exhumación de las Termas Centrales o Termas del Foro, exploración que permitió el hallazgo de diferentes materiales arqueológicos (piezas arquitectónicas, monedas, etc.), así como de varios mosaicos, cinco de los cuales fueron extraídos y recolocados en la Casa del Ermitaño del Palacio de Aranjuez (donde permanecerían hasta el siglo XIX, para pasar luego dos de ellos a la colección del Marqués de Salamanca y a continuación al Museo Arqueológico Nacional, perdiéndose el conocimiento sobre el paradero del resto). Tras la excavación, los restos del edifico termal fueron reinhumados.
La importancia de los vestigios documentados en 1795 llevó a José Córnide a proponer la hipótesis de situar en Los Mercados de Duratón la ciudad de Confloenta, citada entre las pólis arévacas por el geógrafo alejandrino Ptolomeo en su Geografía en el s. II d.C., ciudad que había querido ser situada con precedencia en diferentes sitios del valle del Duero.
En 1801 Guillermo Casanova, arquitecto de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, informado de los vestigios de Duratón y de las excavaciones realizadas en 1795 por los habitantes de Duratón, cuando estaba realizando trabajos en el sitio para la construcción del puente sobre el río Duratón, intentó continuar las excavaciones. Si bien, no fue autorizado.
A pesar de que las excavaciones de Villanueva tuvieron eco en ciertos autores del siglo XIX (Masdeu, Gómez de Somorrostro, Ceán Bermúdez, etc.), la existencia de la ciudad romana de Duratón de nuevo quedó relegada por la tozuda insistencia de querer situar en Sepúlveda una ciudad romana, añadiéndose la propuesta de identificación de Confloenta en la villa sepulvedana (aunque otros autores del siglo XIX también probaría a situar Confloenta en Ágreda, Soria, o en Canales de la Sierra, en La Rioja).
A partir de 1869 se produce la publicación por Emile Hübner de algunos epígrafes procedentes de Duratón y su inmediato territorio en el Corpus Inscriptionum Latinarium (CIL), que da a conocer a la comunidad científica estos textos y piezas referidos a la antigua ciudad romana de Duratón. De forma paralela, autores como Fidel Fita y Aureliano Fernández Guerra atienden informaciones sobre cuestiones epigráficas de Duratón, aunque que la publicación de nuevas traducciones de la Geografía de Ptolomeo no recogerían la propuesta planteada por Córnide de identificar Confloenta con Duratón. A inicios del siglo XX el arqueólogo Narciso Sentenach reconsideraba el carácter urbano de Los Mercados, recordando la propuesta de su identificación con Confloenta, pero este planteamiento quedaría de nuevo olvidado durante gran parte del siglo XX.
En 1929 se produjo el hallazgo casual de las primeras tumbas visigodas en el paraje de El Ejido, junto a la iglesia románica de Nuestra Señora de la Asunción, en el suburbio meridional de la ciudad romana de Duratón, aunque no sería hasta 1942 cuando se iniciarían los trabajos de excavación en este cementerio en uso entre los siglos V y VII d.C., bajo la dirección de Antonio Molinero Pérez, Comisario Provincial de Excavaciones
Arqueológicas de Segovia, que se prolongarían hasta 1948 (salvo con un paréntesis en 1947, y en 1945 con la colaboración de la Directora del Museo Arqueológico de Murcia, Isabel Ceballos-Escalera y Contreras). Esta actuación permitió documentar 666 enterramientos, parte de los cuales ya fueron publicados en una monografía que vio la luz en 1949 (los correspondientes a los intervenidos en 1942 y 1943). Solo en 1949 realizaría varios sondeos en el solar de la ciudad romana, junto con Lois Déroche, de la de L´École de Hautes Études Hispaniques, de la Universidad de Bordeaux (Francia). Estos investigadores documentarían el vestíbulo de las Termas del Foro, ya visto por Villanueva en 1795, así como restos de espacios domésticos, los denominados Edificios A y C. De forma paralela, Molinero entregaría al Museo de Segovia numerosas piezas procedentes de hallazgos casuales en Duratón, muchos de ellos a través de la donación de la población local..
Tras estos trabajos la atención a Duratón durante la segunda mitad del siglo XX se vuelve principalmente hacia la etapa visigoda, por la importancia de su cementerio tardo antiguo, el mas extenso de Hispania, marginando los vestigios y evolución en época romana, hasta el punto que el lugar, conocido por ser lugar del hallazgo en 1795 de varios mosaicos ya en el Museo Arqueológico Nacional, quedaría muyo olvidado, atendiéndose todavía Sepúlveda como sitio de una antigua ciudad romana, quizás Septempublica, siguiendo el topónimo que la Crónica de Alfonso III (866-910) recoge para la villa.
En 1971 Antonio Molinero publica numeroso material arqueológico procedente de las excavaciones y hallazgos en Duratón, y un año después Antonio Linage reabre la problemática relación entre Duratón y Sepúlveda en la Antigüedad, para quien la primera sería una pequeña población dependiente de la segunda, acaso la Septempublica romana.
A partir de 1975 y hasta el fin del siglo XX varios investigadores atienden diferentes cuestiones sobre el territorio en época romana, como el poblamiento (Carmen García Merino) o las calzadas (Jose A. Abásolo), así como la publicación científica de materiales procedentes de Duratón, epigráficos (Geza Alföldy, Juan Santos, Ángel. L. Hoces de la Guardia, A. Stylow, Robert. C. Knapp, Javier del Hoyo, etc.), numismáticos (Luis Sagredo y Arribas, M. Abad), cerámicos, etc., al tiempo que se atiende al pasado prerromano de Duratón, Sepúlveda y su entorno (Joaquín Barrio, J. Francisco Blanco), llegándose a la conclusión de que la principal ciudad prerromana del territorio se situaría precisamente en Sepúlveda. Las investigaciones arqueológicas realizadas en Sepúlveda por M. Doleres Martín, Teresa Tardío y Alonso Zamora afirmarían que el centro principal del área en época romana se situaría en Duratón, y no en Sepúlveda. En 1993 ve la luz un trabajo sobre la arqueología en el alto Duratón, realizada por Diego Conte Bragado e Ignacio Fernández Álvarez de Quirós, en el que se describen los vestigios de Los Mercados, los hallazgos materiales en este realizados, y se califica al lugar claramente como el sitio de una ciudad romana. Poco después una exposición en el Museo de Segovia, acompañada de una pequeña publicación (de Ángel L. Hoces de la Guardia, Luciano Municio y Alonso Zamora), presenta nuevos materiales arqueológicos procedentes de la ciudad romana. En 1999, Rosario Lucas reconoce como procedentes de Duratón, de las excavaciones efectuadas por Villanueva en 1795, de los dos mosaicos conservados del Museo Arqueológico Nacional (los de Aión y Medusa, respectivamente), ingresados en la colección del Marqués de Salamanca, tras ser extraídos de la Casa del Ermitaño del Palacio de Aranjuez en el siglo XIX.
No obstante, en 1993 la Tabula Imperii Romani, mapa de Hispania realizada por la investigación académica, consideraría Los Mercados como el sitio de una villa romana, marginando el carácter urbano del lugar. Este planteamiento era paradójico, en tanto que ya desde fines de los años 1970, a través de la lectura de los textos epigráficos de Duratón y su área, se había planteado la existencia en Duratón de la cabeza de un municipio de derecho latino, a raíz de los sucesivos trabajos de G. Alföldy, J. Santos, R. C. Knapp y J. del Hoyo. Uno de estos autores, Knapp, plantearía además que Duratón fuera el sitio de la ciudad de Nova Augusta (luego localizada en Lara de los Infantes, Burgos).
Un gran avance desde el punto de vista de la protección del patrimonio se produce en los años 1990 cuando el Yacimiento arqueológico de Los Mercados, a raíz de las prospecciones realizadas en los años 1990, es incluido en el Inventario Arqueológico de Castilla y León, si bien, como una asentamiento rural (una villa romana). Y en 1994 la Comunidad Autónoma de Castilla y León declara el Bien de Interés Cultural "Los Mercados" (Duratón, Sepúlveda, Segovia), con categoría de Zona Arqueológica, documento en el que se establece las medidas normativas de protección del yacimiento.
La exploración actual en Confloenta se inicia en los años 2001 y 2002, cuando se lleva a cabo el Proyecto de investigación arqueológica Ciudad, aldeas y paisajes antiguos de Duratón (Segovia), bajo la dirección de Julio Mangas, de la Universidad Complutense de Madrid, y Santiago Martínez Caballero, del Museo de Segovia. El objetivo del proyecto fue, de una lado, sentar las bases para analizar en futuras investigaciones la evolución histórica de la ciudad romana de Los Mercados y su territorio antiguo; y, del otro, realizar una valoración y diagnosis sobre el estado de conservación del yacimiento, a partir de la evaluación de las emergencias arqueológicas y la realización de sondeos y micro prospección, ejecutadas bajo la dirección de Almudena Orejas Saco del valle, del Instituto de Historia del CSIC, desde los que se analizaron los componentes arqueológicos del subsuelo y se establecieron los puntos de base para desarrollar una estrategia de futura puesta en valor del lugar. Los trabajos fueron financiados por la Dirección General de Patrimonio de la Junta de Castilla y León, la Diputación Provincial de Segovia y la Obra Social de Caja Segovia, contando con la colaboración del Ayuntamiento de Sepúlveda. Estas investigaciones permiten replantear la propuesta, expresada desde fines del siglo XVIII, de situar en Los Mercados el sitio de la ciudad romana de Confloenta, cuya evolución y síntesis arqueológica ve la luz en la publicación Confloenta la ciudad romana de Duratón, de S. Martínez Caballero, editada por la Diputación de Segovia en 2014.
En 2016 se ejecuta ya el proyecto Forum Pecuarium: ganadería, trashumancia, ferias y mercados en Duratón romano, promovido y financiado por el Instituto de la Cultura Tradicional Manuel González Herrero de la Diputación de Segovia, con la dirección de Santiago Martínez Caballero, con la participación de la Dirección General de Patrimonio Cultural de la Junta de Castilla y León y el Ayuntamiento de Sepúlveda, que cofinancian los trabajos de excavación y prospección en el yacimiento arqueológico de Duratón.
Desde 2017 se está el Proyecto de investigación Ciudad romana de Duratón. Barrio Meridional, financiado por la Diputación de Segovia, y dirigido por Santiago Martínez Caballero, Director del Museo de Segovia, y, primero por Manuel Retuerce Velasco, y desde 2019, por Gonzalo Ruiz Zapatero, de la Universidad Complutense de Madrid. Los trabajos de investigación se centran en el análisis del urbanismo y evolución de la ciudad romana, con la exploración del barrio meridional, donde se enclavan las Termas Meridionales, junto al Kardo Máximo, actualmente en curso de excavación. De forma paralela, el equipo de investigación está llevando a cabo también un análisis del poblamiento y vías de comunicación del alto Duratón en la Antigüedad, así como de los sistemas económico, social y religioso de la ciudad romana de Confloenta.
De forma paralela, y sobre la base del proyecto de investigación, la Junta de Castilla y León está llevando a cabo diferentes actuaciones de conservación, acondicionamiento y difusión del yacimiento arqueológico de Los Mercados y sus investigaciones, que aunando esfuerzos con la Diputación de Segovia, y contando con la colaboración del Ayuntamiento de Sepúlveda, está enfocado a la protección, disfrute y promoción de la ciudad romana de Confloenta, con el objetivo de que sirva, a su vez, a la dinamización de este territorio de la provincia de Segovia.