Las prospecciones arqueológicas señalan la restricción del espacio urbano de Confloenta desde el s. V d.C., para concentrase la ocupación de la ciudad en época tardo antigua, durante la Monarquía Visigoda, entre los siglos V y VII d.C., en el sector central y suroccidental de la meseta de Los Mercados. A esta ocupación tardo antigua, de época visigoda, pertenece el uso de la necrópolis situada detrás del posterior templo románico, dato que habla de la posibilidad de que este último tenga su origen en una iglesia visigoda. La necrópolis, a su vez, se coloca sobre la ruina de una villa suburbana. 

 

La necrópolis de Duratón, en uso entre el último tercio del siglo V y el siglo VI d.C., constituye el cementerio tardo antiguo más notable documentado en Hispania. Probablemente los enterramientos de esta necrópolis corresponden a la población tardo antigua hispanorromana de Duratón, aunque quizás esté también presente algún elemento de etnia goda. 

La excavación ha documentado un sector de la necrópolis, con 666 tumbas, con ricos ajuares, hoy en el Museo de Segovia. En la necrópolis se documentaron diferentes tipos de sepulturas:

 

a) En fosa excavada en el terreno natural: con estela para señalar el enterramiento; con la fosa delimitada linealmente con piedras irregulares, o regulares, algunas piedras planas hincadas, y a veces señaladas por estelas; con fosa tapada con piedras planas o estelas funerarias expoliadas de los cementerios romanos, o bien con el fondo de la fosa cubierto por piedras planas o fragmentos de teja; y con la cabecera delimitada por un segmento circular de ladrillo.

 

b) En sarcófago. Se documentó uno con tapa y otros tallados en fustes de columnas romanas. Algunos los hallados se exponen ahora aquí, fuera de su posición original.