Ambrosio de Morales, cronista de Felipe II, en el s. XVI, proporciona las primeras noticias de hallazgos en el área de Duratón. Pero no es hasta fines del s. XVIII cuando se formula la primera propuesta de identificación de Duratón con la Confloenta de Ptolomeo, por J. Córnide, tras la excavación que en 1795 el arquitecto real Juan de Villanueva acomete en Los Mercados.
La intervención fue promovida por el ministro Manuel Godoy, a quien autorizó Carlos IV, una vez que el primero fue informado de hallazgos notables en el paraje de Los Mercados por parte de Manuel Sedeño, cura de Duruelo, y Cristóbal Rubio, párroco de Duratón, quienes habían acudido al lugar para acopiar material de construcción, destinado a restaurar la casa parroquial de Duratón. Varios meses de excavación depararon el hallazgo de un edificio termal, luego reinhumado, y varios mosaicos, que fueron levantados y enviados a Madrid para decorar la Casa del Ermitaño del Palacio de Aranjuez (dos de estos mosaicos se encuentran hoy expuestos en el Museo Arqueológico Nacional, Madrid).
No obstante, durante los dos siglos siguientes el yacimiento quedará prácticamente olvidado, salvo por algunos autores que tratarán de identificar los restos de Duratón con alguna de las ciudades romanas citadas por las fuentes. Algunos autores recogerán la propuesta de Confloenta entre los ss. XIX y principios del XX. Si ben, otros apuntarían otras propuestas, como la de M. Cortés y López identificaba Confloenta con la Complega de Apiano, que la situaba en Ágreda (Soria).
A. Molinero, como Comisario de Excavaciones de la Provincia de Segovia, excavaría entre 1941 y 1949 en la necrópolis visigoda de Duratón, cementerio localizado pocos años antes y que tras su exploración se convertiría en un lugar de referencia principal para los estudios de la Tardo Antigüedad y Alta Edad Media en Hispania. Molinero identificaría Duratón con la Colenda de Apiano (ciudad destruida por el procónsul Tito Didio entre 97 y 95 a.C.), y, desde el hallazgo de materiales celtibéricos, formulaba la ocupación del lugar desde época prerromana (ocupación por el momento no constatada).
En los decenios sucesivos no se produciría una indagación más detallada en el mundo romano en el área de Duratón, tan sólo se contaría durante los últimos decenios del siglo con pequeños estudios parciales sobre materiales recuperados en el yacimiento. De hecho, en el último cuarto del s. XX la evaluación del yacimiento de Los Mercados se restringe generalmente a considerar que el lugar solo debió acoger un asentamiento menor romano (con alguna excepción, como A. Linage, quien recoge la identificación de Confloenta con Duratón), y recordar que Confloenta se localizaba en un emplazamiento concreto desconocido.
No obstante, la importancia patrimonial del lugar se vio respondida con la declaración en 1994 del yacimiento de Los Mercados como Bien de Interés Cultural, con categoría de Zona Arqueológica, por la Junta de Castilla y León. Pero las nuevas prospecciones realizadas en Los Mercados en 1996 para el Inventario Arqueológico de Castilla y León no reconocieron la presencia en Los Mercados de una ciudad romana, calificando el lugar como asentamiento rural, aunque se señalaría que el sitio podría corresponderse con un municipio. También en los años 1990 la realización del Inventario Arqueológico de Castilla y León comenzaría a aportar los primeros datos sistemáticos para este territorio en relación con su ocupación en época romana.
