La ciudad de Confloenta surgió como fundación ex novo en un emplazamiento en llano en el paraje de Los Mercados, sobre la terraza fluvial situada junto a la confluencia de los ríos Duratón y Serrano. El interés de Roma por el mejor control de la población procedente de la celtibérica Sepúlveda y otros oppida del entorno, así como por un mejor acceso a la campiña y a las comunicaciones, determinó que no se valorara una posición en altura para emplazar la fundación. La elección de un emplazamiento en llano para la nueva ciudad (in planum extruere), sin grandes dificultades topográficas, habilitó la ejecución de un tipo de planificación ordenada en base a un esquema urbanístico regular. Se creó una estructura adecuada para la implantación de las soluciones urbanísticas necesarias para el desarrollo de una ciudad constituida como caput civitatis.
La prospeccion arqueológica intensiva en Los Mercados señala la ocupación en época romana de la terraza fluvial en una superficie de entre 60 y 70 ha. La trama urbana reticular central de Confloenta adopta la forma de un polígono irregular, que alcanza el sinuoso borde de la meseta de Los Mercados, donde el terreno natural desciende hasta el río Duratón y el pueblo de Duratón.
Esta retícula central se articula en función de tres decumani principales (calles con trazado Este-Oeste) y más de kardines, calles con trazado Norte-Sur, que se cruzan generando insulae o manzanas regulares. Estas calles no se cruzan en ángulo recto, sino formando ángulos de 65º, que deciden una retícula no ortogonal, con insulae de planta trapezoidal, solución adoptada por cuestiones topográficas. El Decumanus II, en el centro de la ciudad, constituye el Decumanus maximus, con una longitud de 660 m. El Kardo XII, de 375 m de longitud, conforma a su vez el Kardo Máximo. Ambos ejes principales se cruzan en el Foro, en la zona central de la ciudad.
La prolongación del eje longitudinal del Decumanus II hacia el oeste de la ciudad, fuera de ésta, genera el tramo inicial de una calzada que enlazaba Confloenta con Cauca (Coca, Segovia) y Pintia (Las Quintanas, Padilla de Duero, Valladolid), al norte. Por el sur, el Kardo XII conectaba con la vía que se dirigía hacia el sureste del territorio hasta Complutum, atravesando Somosierra, y con el camino que por el suroeste comunicaba Confloenta con Segovia. La calzada procedente de Termes desde el noreste, y Clunia y Segontia Lanca, desde el norte, se unían poco antes de alcanzar la ciudad.
En la zona central de la ciudad se sitúan los espacios públicos principales, entre estos el Foro municipal y las Termas centrales. En el extremo sur se coloca un segundo edifico de baños, las Termas meridionales. Otro espacio público destacado es el Foro pecuario, situado en el margen nororiental de la ciudad, para permitir el fácil acceso de rebaños a este espacio desde las cañadas y por razones higiénicas, para evitar comprometer la limpieza de la ciudad en un espacio destinado a actividades de mercado de ganado. La ciudad contaba con un acueducto, conocido de manera indirecta por el hallazgo de tuberías de plomo del sistema de distribución urbano, con trazado por el momento no conocido. Otras infraestructuras destacados son las cloacas detectadas en varias partes de la ciudad, para garantizar la evacuación de aguas y salubridad del espacio urbano. En las áreas periféricas y periurbanas de la ciudad se conocen diferentes espacios industriales, mientras que al sur de la ciudad se localiza la única necrópolis conocida.