Las investigaciones arqueológicas han permitido proponer, a falta de confirmación epigráfica, la identificación del yacimiento arqueológico de Los Mercados de Duratón con la ciudad de Confloenta, citada entre las póleis celtíbero-arévacas por Ptolomeo (Geog. 2, 6, 55).

El topónimo latino tendría su explicación en la posición geográfica elegida para la ciudad en el llano de Los Mercados, sitio en varias confluencias. Duratón se sitúa a los pies del paso de Somosierra, en el punto donde se cruzan la vía que une los principales centros del piedemonte de la cordillera (Termes-Duratón-Segovia-Ávila), y la vía que comunica ambas mesetas, uniendo el área de Complutum con la cuenca sedimentaria del Duero y Clunia. La posición es cercana también al cruce de los corredores pecuarios que dieron lugar a las Cañadas Real Segoviana y Soriana Occidental. Además, Duratón se posiciona en el trazado de la vía de la sal, trazada entre el área de producción de sal de interior del alto valle del río Salado (al norte de la actual provincia de Guadalajara) y la cuenca del Duero. En suma, un sitio de encuentro de cursos fluviales, caminos y cañadas, que lo sería también de actividades económicas, hecho que parece evocarse todavía en el actual topónimo de Los Mercados, conocido desde el siglo XVI.

También se ha señalado (García Alonso 2003) que el topónimo Confloenta podría ser céltico, siendo sinónimo de Complutica/Compleutica, Complutum y Complega, conocidos para otras ciudades célticas hispanas y formados desde Com-plou-to ("acto de fluir juntos"). Con ello, Martínez Caballero (2019) plantea la hipótesis de que un hipotético topónimo Complenta/Conplenda/Confloenta sea el de la ciudad principal del territorio céltico del Duratón; por tanto, el de la Sepúlveda celtibérica, colocada donde fluyen juntos, en la confluencia, los ríos Duratón y Caslilla, pocos kilómetros al oeste de Duratón. Por ello, cabe la posibilidad de que el nombre de la Sepúlveda celtibérica fuera Comflenta/Complenta y llegara corrompido al texto de Apiano como Colenda. Luego, la ciudad romana, nueva fundación republicana, habría tomado el nombre de la ciudad celtibérica principal del territorio.

Confloenta surge como un enclave ex novo a inicios del siglo I a.C., en ese llano apenas elevado sobre su entorno, en un extremo de la fértil campiña del Duratón. La fundación responde a la política romana de urbanización y reestructuración territorial del Alto Duero arévaco suroccidental tras la conquista. La responsabilidad de esta fundación pudo ser de Tito Didio y de la comisión senatorial que fue enviada a la Citerior en 95 a.C. para realizar las labores de reorganización de los territorios conquistados por el primero. Se decidiría entonces el traslado a la nueva posición de Los Mercados (transductio) del componente poblacional del oppidum de Sepúlveda (y quizás también el nombre de la ciudad), distante siete kilómetros, que es anulado como centro de poder. A este núcleo también se debieron incorporar las poblaciones de los cercanos oppida de Morros de San Juan, Los Sampedros y Los Quemados.

Desde su fundación, la ciudad se convirtió en la cabeza urbana de la civitas que gestionó un amplio territorio extendido entre los valles altos de los ríos Cega y Duratón, alcanzando por el norte el flanco sur de la Serrezuela de Pradales y por el sur el Sistema Central, aunque aquel pudo extenderse quizás también al sur de la cordillera, por el alto valle del río Lozoya. En el último tercio del siglo I d.C., en época flavia (a partir de 75 d.C.), la ciudad adquirió el estatuto privilegiado de municipio de derecho latino. Es en el siglo II d.C. cuando se asiste a un periodo de gran desarrollo y esplendor de la ciudad, según se deduce de los datos arqueológicos, epigráficos y numismáticos, si bien la ciudad seguirá funcionando en plena época bajoimperial, cuando se testimonian, a inicios del siglo IV d.C., todavía restauraciones para permitir la continuidad del uso de edificios públicos.