Tras la Antigüedad, el conocimiento de la ubicación de Confloenta se pierde en los tiempos medievales, aunque se siga registrando entre los eruditos el texto de Ptolomeo que citaba esta ciudad entre las poblaciones arévacas.
Ambrosio de Morales, cronista de Felipe II, proporciona en el siglo XVI las primeras noticias de hallazgos en el área de Duratón. Pero no es hasta fines del siglo XVIII cuando se formula la primera propuesta de identificación de Duratón con Confloenta por parte de J. Córnide, tras una excavación que en 1795 el arquitecto real Juan de Villanueva acomete en Los Mercados. La intervención fue promovida por el ministro Manuel Godoy, a quien autorizó el rey Carlos IV, una vez que el primero fue informado de hallazgos notables en el paraje por parte de Manuel Sedeño, cura de Duruelo, y Cristóbal Rubio, párroco de Duratón, quienes habían acudido al lugar para acopiar material de construcción destinado a restaurar la casa parroquial. Varios meses de excavación entre abril y julio depararon el hallazgo de un edificio termal, luego reinhumado, y varios mosaicos que fueron levantados y enviados a Madrid para decorar la Casa del Ermitaño del Palacio de Aranjuez. Dos de estos mosaicos se encuentran hoy expuestos en el Museo Arqueológico Nacional (MAN), tras pasar en el siglo XIX a la colección del Marqués de Salamanca. Se ignora el paradero de los tres mosaicos restantes.
No obstante, durante los dos siglos siguientes el yacimiento quedará prácticamente olvidado, salvo por algunos investigadores que recogerán la propuesta de identificación con Confloenta entre el siglo XIX y principios del siglo XX.
A. Molinero, como Comisario de Excavaciones de la Provincia de Segovia, excavaría entre 1941 y 1949 en la necrópolis visigoda de Duratón, un cementerio localizado pocos años antes y que, tras su exploración, se convertiría en un lugar de referencia principal para los estudios de la tardoantigüedad y la Alta Edad Media en Hispania. En los decenios sucesivos no se produciría una indagación más detallada sobre el mundo romano en el área de Duratón, contando tan solo con pequeños estudios parciales sobre materiales recuperados. No obstante, la importancia patrimonial del lugar se vio respaldada con la declaración en 1994 del yacimiento de Los Mercados como Bien de Interés Cultural (BIC), con categoría de Zona Arqueológica, por la Junta de Castilla y León.
Entre 2001 y 2002 el equipo dirigido por Santiago Martínez Caballero (del Museo de Segovia) y Julio Mangas (de la Universidad Complutense de Madrid) realizó un estudio general del yacimiento. Este se desarrolló mediante una combinación de sondeos de comprobación arqueológica y microprospección, investigaciones que confirmarían la presencia de la ciudad romana en el paraje de Los Mercados y sentarían las bases para futuros estudios.
A partir de 2016 se pone en marcha el proyecto de investigación en la ciudad romana de Confloenta por la Diputación de Segovia, al que se ha sumado la colaboración de la Junta de Castilla y León y la del Ayuntamiento de Sepúlveda. La Universidad de Salamanca desarrolla actualmente el proyecto de excavación e investigación de la ciudad romana, bajo la dirección de Santiago Martínez Caballero y de Juan José Palao Vicente.
